实务中，土地增值税清算争议最大，矛盾最为突出。国家税务总局层面的文件远远无法解决清算过程中出现的问题。近几年各省纷纷出台细则，但由于各地存在政策差异，税企争议大，矛盾突出。

　　国税发[2006]187号规定土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。国家税务总局并无对“分期开发的项目”界定的文件，在实务中引起了众多争议。各省做法不一，有的以经发局或发改委立项作为分期标准，有的以工程规划许可证作为分期标准，有的以企业会计核算对象作为分期标准，清算单位标准不一。同一集团公司在全国范围不同地区的房地产项目可能因为清算单位标准不一而税负差异巨大。

　　《土地增值税暂行条例》规定普通标准住宅的增值率未超过20%，免征土地增值税。国税发[2006]187号规定开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。国税发[2009]91号规定对不同类型的房地产需审核是否分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。实务中，同一清算单位内划分几种成本对象，对土地增值税影响巨大，特别是普通住宅为负增值或增值率超过20%，不享受免税的情况下，普通住宅和非普通住宅是否分别核算；车位属于住宅还是非住宅或其他类型房产对土地增值税清算税负影响巨大。例如房地产项目普通住宅增值额为-1亿，非普通住宅增值额为2亿，车位增值额-0.2亿，商业增值额0.3亿，如按照江苏省的清算政策，普通住宅、非普通住宅、其他类型房产（明确车位和商业属其他类型房产）应分别核算，则土地增值税清算计税增值额为2.1亿（即普通住宅增值额-1亿不需计税，但也不能与非普通住宅和其他类型房产合并，即需计税增值额为：非普通住宅增值额2亿+其他类型增值额0.1亿（车位-0.2亿+商业0.3亿））；如按照安徽省的清算政策，在纳税人不享受免税政策的情况下，分为住宅、非住宅，则土地增值税清算计税增值额为1.1亿（即普通住宅和非普通住宅均属住宅应合并增值额为1亿，非住宅增值额为0.1亿（车位-0.2亿+商业0.3亿））。由于对于同一清算对象成本对象如何分类国家税务总局没有明确的规定，各省份划分种类也不一致，实际税负差异很大。