免赔额1万是指扣完医保后的。一般来说，如果被保险人想要用商业医疗保险报销医疗费用的话，通常需要先扣除已经用基本医保、大病保险以及其他医疗保险保障报销过的医疗费用之后，再扣除免赔额1万，才能按照保险合同约定报销剩余的医疗费用。

　　举一个简单的例子：小张购买了一份商业医疗险，保额20万，免赔额1万，扣除免赔额后可100%报销。若在商业医疗险的保障期间，小张不幸罹患重疾大病，花费30万医疗费用。于是，小张在用基本医保报销了27万后，还剩余3万没有报销，那么小张若还需要用商业医疗险报销的线%报销，也就意味着小张自己实际只花费了1万的医疗费用。

　　当然，在实际的报销过程中，我们还需要考虑到当地基本医保的实际报销比例、起付线、其他医疗保险保障报销的医疗费用，以及商业医疗险自身的免赔额、报销比例等因素。不过可以明确的是，商业医疗险在扣除免赔额1万之前，还必须要先扣除已经用医保以及其他医疗保险保障已经报销过的医疗费用后，才能报销剩余的医疗费用。