用户的二套房申请贷款，如果是公积金贷款，执行基准利率的1.1倍，这个是相同的。但申请的是商业贷款，商业贷款利率会根据用户的实际情况来决定上浮多少，不同的用户信用资质条件不同，因此二套房的贷款利率也不同。而且不同的城市，二套房利率上浮也不同。

因此，二套房贷款利率不仅不同，而且一定会上浮，用户能申请公积金贷款，尽量申请公积金贷款，因为公积金贷款利率要低于商贷利率。